El 11 de septiembre de 1973, tras el golpe militar, Alonso fue advertido de que lo buscaban los marinos en el puerto. Gracias a compañeros, logró esconderse momentáneamente y huir de Antofagasta. Sin embargo, fue detenido el 5 de noviembre en Iquique. Los militares allanaron la casa de sus padres, lo golpearon frente a su familia y lo llevaron a la base militar de Telecomunicaciones.
Freddy fue brutalmente torturado, recibiendo golpes, electricidad y simulaciones de fusilamiento. Fue trasladado a Pisagua, donde enfrentó golpizas colectivas, trabajos forzados y humillaciones constantes. Además, narra el fusilamiento de seis presos considerados “no políticos” y la ejecución de compañeros comunistas tras simulacros de juicios militares.
Menciona como la noche de Navidad fue marcada por abusos, destrucción de pertenencias y una misa macabra dirigida por un capellán militar. También cuenta que los prisioneros fueron obligados a construir la pista de aterrizaje de Pisagua y otros proyectos.
Freddy Alonso fue liberado de Pisagua en 1974. Sin embargo, su libertad no significó el fin de su persecución. Al regresar a Iquique, se encontró vigilado constantemente por los organismos de seguridad de la dictadura, especialmente por la DINA y la CNI.
Debido al peligro constante, Freddy fue forzado a abandonar Chile y exiliarse en Europa, específicamente en Francia, donde recibió asilo político. En el exilio, se integró a comunidades de chilenos y organizaciones de derechos humanos que denunciaban las violaciones cometidas por la dictadura.
Tras el retorno a la democracia en Chile, Freddy Alonso volvió al país, aunque nunca dejó de sufrir las secuelas físicas y emocionales de su detención y tortura.